
El lugar en el que se encuentra la Iglesia Parroquial de Santa María de la Encarnación de la Alhambra fue originalmente ocupado por una iglesia cristiana visigoda acreditada por una lápida allí encontrada. Sobre esta se construyó más tarde la mezquita real destinada a uso del emir y la corte nazarí. Tras la toma de la ciudad en 1492 se convierte en la primera sede de la Catedral de Granada, trasladada más tarde al Convento de San Francisco (Casa Grande) en el Realejo, tomando esta de Santa María el tercer lugar de las iglesias parroquiales según refiere Henríquez de Jorquera. Junto a la iglesia se situaron el Seminario y la Casa de Beneficiados. En 1576 se procede a la demolición del primitivo edificio por estar en ruinas. Años después se proyectó un nuevo templo que trazó Juan de Herrera, modificó Ambrosio de Vico y en 1581 se comenzó la construcción sobre otro diseño más pobre de Juan de Orea muy diferente a lo inicialmente proyectado ocupando el solar de la antigua mezquita y parte del baño nazarí anejo a esta. En 1590 el Arzobispo D. Pedro de Castro puso una columna en el atrio de la iglesia con reliquias de los franciscanos Juan de Cetina y Pedro de Dueñas martirizados el 12 de mayo de 1397 a la puerta de la mezquita que había en el mismo lugar. Se terminó en 1618 con el aspecto que hoy conocemos.

El edificio de estilo renacentista presenta planta de cruz latina con seis capillas a los lados de la nave. En él se expresan plenamente por vez primera en Granada los planteamientos de la Contrareforma, abandonando las técnicas mudéjares usadas hasta entonces. Presenta amplio transepto mientras la capilla mayor sobre elevada resulta profunda y cuadrada. A su derecha se sitúa la sacristía y a la izquierda la torre de trazas siloescas. La nave se ilumina por vanos abiertos sobre la cornisa en los arranques de las bóvedas baídas que la cubren. Sobre el crucero, cúpula ciega con bandas a modo de radios y sencilla decoración en yesos. En las pechinas aparecen jarrones con azucenas en alusión a la advocación de este templo y la fecha de 1.618, año de su finalización. La capilla mayor se cubre con bóveda de cañón lisa.
Las fachadas están realizadas en ladrillo y mampostería, la portada trazada por Ambrosio de Vico no llegaría a ejecutarse. En su parte superior figuran los escudos de España y del Arzobispo González de Mendoza, labrados en 1676. Sobre la torre, realizada en ladrillo, aparece el cuerpo de campanas con dobles pilastras entre los arcos y chapitel de pizarra ochavado; en las esquinas cuatro pináculos piramidales que, junto con los que rematan los contrafuertes de la nave, son una clara referencia al estilo Herreriano.
En el interior destaca su retablo barroco que preside la capilla mayor, con grandes columnas salomónicas del siglo XVII, construido originalmente para la Iglesia de Ntra. Sra. de las Angustias, Patrona de Granada, por Juan López Almagro en 1671. De madera dorada, con dos cuerpos y tres calles separadas por columnas salomónicas de gran tamaño, en la central se sitúa la hornacina en la que se veneran los Sagrados Titulares de la Hermandad, obra de Torcuato Ruiz del Peral. A ambos lados aparecen las tallas de Santa Úrsula y Santa Susana, a las que estuvo consagrada la primitiva ermita que hoy día es el templo patronal granadino. Sobre la hornacina se sitúa la imagen de un crucificado obra de Alonso de Mena flanqueado por cuatro tablas con los evangelistas. Ya en el segundo cuerpo aparece relieve de la Stma Trinidad. En él se representa la mediación de Cristo en la redención del hombre por medio de su Pasión, apareciendo la imagen del Hijo mostrando al Padre las “Arma Christi” o atributos de la Pasión.

Completan el presbiterio, sobre elevado del nivel de la iglesia por grada compuesta por cuatro peldaños, la mesa de Altar ricamente decorada en su frontal con relieves de los evangelistas, el Ambón en madera dorada situado a su derecha en el que figura un relieve de Cristo con la samaritana junto al pozo de Sicar, y otra cartela en la que aparece la escena de Encarnación, titular del templo, al otro extremo junto a la Sede. Otros dos retablos de similares características y menor dimensión aparecen a ambos extremos del crucero, albergando el del lado derecho la imagen de San José con el Niño y el izquierdo la del Stmo. Cristo de la Humildad, obra de Pedro de Mena.
Entre 2002 y 2006, a instancias del Arzobispado de Granada y de la Hermandad, el templo fue completamente restaurado en su fábrica y tejados por la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía a través del Patronato de la Alhambra y Generalife, incorporándole una nueva dotación de servicios. La restauración fue completada con la incorporación de diferentes bienes muebles por parte de la Delegación Diocesana de Arte Sacro. El 8 de diciembre de 2009 el Arzobispo de Granada consagraba la Iglesia como Parroquia, condición que había perdido en siglos pasados a consecuencia de la despoblación en la Alhambra y la supresión y unificación de parroquias granadinas. Hasta entonces había pertenecido a la demarcación de San Cecilio. El 25 de noviembre de 2018 se celebraba el 400º aniversario de la finalización del templo con una solemne Eucaristía presidida por el Sr. Arzobispo, Monseñor Francisco Javier Martínez.